Hazrati Xizr masjidi – afsonaviy oʻlmas taqvodor inson Hazrati Xizr nomi bilan bogʻliq. Bino Shohizinda majmuasi qarshisidagi tepalikda joylashgan qadimiy masjid poydevori ustiga qurilgan. Yodgorlik Shohizinda va Toshkent koʻchalari chorrahasida joylashgan.
Masjid haqida ilk eslatma VIII asr boshlari arablar Soʻgʻdni bosib olgan davrga toʻgʻri keladi. Rivoyatlarga koʻra, 712-yilda Qutayba qoʻshinlari Samarqandni egallagandan soʻng arablar Joʻyi arziz kanalini toʻgʻon bilan toʻsib, shahar qalʼasini suv ostida qoldirmoqchi boʻlganlar. Biroq osmondan ulkan oq qush tushib, toʻgʻonni buzdi. Bu voqeani xotirlash uchun Qutaybaning hamrohlaridan biri Muhammad ibn Vaso Temir darvozada, Afrasiyobning janubiy tomonida, soʻgʻdliklar hurmat qiladigan zardushtiylar ibodatxonasi oʻrniga “Hazrati Xizr” masjidini qurdirdi. Masjid 1220-yilda moʻgʻullar istilosi davrida butunlay vayron qilingan.
Hozirgi masjid 1854-yilda qadimiy poydevor ustiga qurilgan. Rekonstruksiya 1919-yilda samarqandlik mashhur usta Abduqodir bin Boqiy tomonidan kirish portali va sharqiy minora oʻrnatilib, darvozaxona toʻgʻridan-toʻgʻri gumbaz bilan yopilganida nihoyasiga yetdi.
Masjid xonaqoh, uning 2 yonida hujralar, qoʻshimcha xonalar, omborxona, minoradan iborat; keyinchalik binoga qoʻshimcha ayvon, darvozaxona qurilgan. Darvoza peshtoqgumbazli, peshtoqning 2 burchagiga qubbasi qovurgʻali guldasta-minoralar ishlangan; peshtoqning chap tomonida ravoqli, oʻymakori bezatilgan 5 ta yogʻoch ustunli peshayvon jozibador naqshlar bilan serhasham bezatilgan.
2018-yilda masjid hududida Oʻzbekiston Respublikasining Birinchi Prezidenti Islom Karimov maqbarasi ochildi.